כמה וכמה מטרות הציבה לעצמה אגודת חוקרי חברה-צבא בישראל עם היווסדה. בראש יעדיה המוצהרים של האגודה ניצבים קידומו, הצגתו וניתוחו של המחקר הבין-תחומי המתמקד בנושאים השונים הנגזרים מן הנושא הכללי של יחסי חברה וצבא: הקשרים בין הצבא לחברה, הממשק שבין הדרג האזרחי לדרג הצבאי, היחסים שבין הצבא ובין גופי ביטחון אחרים, וכן ההיבטים החברתיים והארגוניים השונים של הצבא.